Υπήρξε 58ος στη σειρά των Παπών της Ρώμης, κληθείς στον ποντιφικό θρόνο το 535 μ.Χ. Ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός διεξήγαγε τότε πόλεμο με το βασιλιά των Γότθων της Ιταλίας Θευδάτο και ο πάπας Αγαπητός ο Α΄ ανέλαβε να μεσολαβήσει μεταξύ τους. Για την εκτέλεση αυτής της αποστολής ήρθε στην Κωνσταντινούπολη το έτος που ανέβηκε στο θρόνο φέρνοντας μαζί του προτάσεις του Θευδάτου, ο οποίος υποσχόταν να παραιτηθεί από την εξουσία του στην Ιταλία, εάν εξασφαλιζόταν σύνταξη στην Κωνσταντινούπολη.

Αργότερα, ο Θευδάτος άλλαξε γνώμη ενθαρρυνόμενος από κάποιες επιτυχίες των Γότθων στην Ιλλυρία, αλλά τελικά φονεύτηκε από τον ίδιο του το στρατό διότι δεν τόλμησε να βοηθήσει τη Νεάπολη, που την πολιορκούσε ο περίφημος στρατηγός Βελισσάριος. Ο πάπας Αγαπητός έτυχε μεγάλων τιμών στην Κωνσταντινούπολη. Πατριάρχης τότε ήταν ο Άνθιμος ο Α΄ που είχε μετατεθεί από την επισκοπή Τραπεζούντας και ήταν θιασώτης της αίρεσης των μονοφυσιτών. Στη Σύνοδο που τον δίκασε προήδρευσε ο πάπας Αγαπητός και αφού καθαιρέθηκε ο Άνθιμος ο Α΄, αναδείχτηκε νέος Πατριάρχης ο εξ Αλεξανδρείας Μηνάς, πρεσβύτερος στην Κωνσταντινούπολη, χειροτονημένος από τον Πάπα.

Στους Συναξαριστές βρίσκουμε γι’ αυτόν τις εξής διηγήσεις: κατά το ταξίδι του σε λιμάνι ελληνικό βρήκε άνθρωπο άλαλο από τη γέννησή του και ανάπηρο, μόλις ικανό να σύρεται. Η ευαίσθητη και γεμάτη αγάπη καρδιά του Πάπα ελέησε τον πάσχοντα. Μόνο με την αφή του έδωσε την υγεία των ποδιών και βάζοντας στο στόμα του τη Θεία Κοινωνία έλυσε τα δεσμά της γλώσσας του. Αλλά και στην Κωνσταντινούπολη μαρτύρησε το θαυματουργικό του χάρισμα θεραπεύοντας έναν τυφλό τον οποίο συνάντησε στην πύλη που ονομάζεται Χρυσή.

Ο Αγαπητός πέθανε το 536 μ.Χ. στην Κωνσταντινούπολη έναν περίπου χρόνο αφού έγινε Πάπας.