Ο πατρίκιος Νικήτας τού ζητά να πάει στην Πόλη, για να ευλογήσει τον Αυτοκράτορα. Ο Άγιος ξεκινά, αλλά όταν έφτασαν στη Ρόδο, ένα όραμα τον καλεί στην Κύπρο. «Έλα, μην αργείς, του είπε ένας μεγαλοπρεπής και φωτεινός άνδρας. Έλα! Ο βασιλεύς των βασιλέων σε προσκαλεί». Έξω από τη σημερινή Λεμεσό ο Άγιος γράφει τη διαθήκη του. Το κείμενο της είναι σύντομο, μα πολύ περιεκτικό. Σ’ αυτήν μεταξύ άλλων αναφέρει:
– «Σ’ ευχαριστώ, Χριστέ μου, εσύ που είσαι το Α και το Ω στη ζωή μου, γιατί με αξίωσες, τα δώρα που Συ μου έδωσες, να σου τα προσφέρω πίσω.
Σ’ ευχαριστώ, ακόμη που άκουσες την προσευχή μου και στην κατοχή μου τώρα που πεθαίνω δεν έμεινε παρά «ένα τρίτον νομίσματος», το οποίο προστάζω να δοθεί στους φτωχούς αδελφούς μου. Όταν με τη χάρη του Θεού έγινα επίσκοπος της Αλεξανδρείας, βρήκα στα ταμεία της επισκοπής μου οκτώ χιλιάδες περίπου λίτρες χρυσού. Με τις γενναιόδωρες προσφορές φιλοχρίστων ανθρώπων, κατόρθωσα να συγκεντρώσω αμύθητα ποσά. Τα ποσά αυτά, επειδή ήξερα πως είναι δώρα του βασιλιά των όλων, του Χριστού, τα επέστρεψα με επιμέλεια και προσοχή στον Θεό, στον οποίο και ανήκουν. Σ’ Αυτόν παραδίδω τώρα και την ψυχή μου.».
Η ψυχή του, λοιπόν, φτερούγισε στις 11 Νοεμβρίου του 619. Το πρώτο θαύμα έγινε την ημέρα της ταφής του. Το τίμιο σκήνωμα του Αγίου συνοδεύεται, για να ταφεί στον ναό του Αγίου και θαυματουργού Τύχωνος και πρόκειται να τοποθετηθεί ανάμεσα σε άλλα δύο λείψανα Οσίων Επισκόπων της Κύπρου. Με έκπληξη τα πλήθη παρατηρούν τα λείψανα των Επισκόπων να παραμερίζουν και να δημιουργούν ανάμεσά τους χώρο, για να δεχθούν το τιμημένο σκήνωμα. Επίσης, τα άγια λείψανά του αναβλύζουν ιαματικό μύρο.
Ο άγιος Ιωάννης εορτάζεται από την Εκκλησία μας κάθε χρόνο στις 12 Νοεμβρίου.