Γεννήθηκε στην Κυδωνία της Κρήτης το έτος 792 μ.Χ. και εκεί διδάχτηκε τα πρώτα γράμματα. Κατόπιν, οι γονείς του τον έστειλαν στην Κωνσταντινούπολη κοντά στο θείο του Θεοφάνη, που ήταν μοναχός στην περίφημη Μονή του Στουδίου, της οποίας και αυτός έγινε μοναχός. Εκεί ο Νικόλαος βρήκε την ευκαιρία να μορφωθεί στα ελληνικά και θρησκευτικά γράμματα, έγινε δε και ένας από τους καλύτερους ταχυγράφους της εποχής του. Οι καιροί, όμως, ήταν πολύ ταραγμένοι από το σάλο της Εικονομαχίας και η ιερά Μονή Στουδίου – που ήταν προμαχώνας του αγώνα υπέρ των αγίων Εικόνων – ο ηγούμενος και οι μοναχοί της υπέστησαν διώξεις, φυλακίσεις, εξορίες και πολλές άλλες στερήσεις. Την ίδια βέβαια τύχη είχε και ο Νικόλαος, γι’ αυτό και επονομάσθηκε “Ομολογητής”. Όταν έπαψε η θύελλα της Εικονομαχίας στις 19 Απριλίου 847 μ.Χ., ο Νικόλαος εξελέγη ηγούμενος της Μονής του. Το 850 μ.Χ. όμως παραιτήθηκε. Το 859 μ.Χ. ίδρυσε το μονύδριο του Κονωροβίου με σχέδιο να καταρτίσει νέους μοναχούς κατά το πνεύμα και τις παραδόσεις της Μονής Στουδίου. Ο Καίσαρ Βάρδας, όμως, τον ανάγκασε να αυτοεξοριστεί σε διάφορους τόπους, για να επανέλθει το 867 μ.Χ. ως ηγούμενος και να τον καλέσει ο Θεός κοντά Του στις 4 Φεβρουαρίου του 868 μ.Χ.